（1）風險與收益不對等
風險與收益的不對等，是做空的內含風險。理論上說，當投資者做多一隻個股，其最大限度的虧損為股價降至0，即虧損比例100%；但當投資者做空一檔股票，相對其做空的價格來說，股價後續上漲空間沒有限制，因此其潛在的虧損沒有限度，可能是200%、300%甚至更高。
（2）時間成本
融券做空必須考慮時間因素。一方面，因為做空操作每一天都有利息產生，隨著時間累積成本增加；另一方面，做空最大的不確定性也來自時間，若投資者長時間持有空頭，可能面臨股價上漲帶來的風險。
（3）利率風險
需注意的是，做空下單後，做空利率仍是變化的，投資者最終支付的利息從T+2日起按照每天的實際利率進行計算，並在每月第三個交易日匯總結算。任何人無法預先確定做空利率，如果在持有空頭期間個股做空擁擠程度大幅增加、導致利率大幅度上漲，投資者需承擔因此增加的做空成本；某些情況下，這可能導致空頭倉位的虧損。
（4）召回和強平
做空操作時，空頭投資者和出借人的關係是不對等的。股票借出者保有在任何時候要求召回該股票的權利。如果發生召回，券商會嘗試用從另一個出借人處借到的股票代替先前借到的股票。如果無法借到股票，就會發起正式召回。召回通常採用交易量加權平均價（VWAP）定單以平掉客戶的空頭頭寸。
此外，如果在借得股票之後，股價持續上漲，對該股票的保證金要求也會不斷提高。一旦發生保證金不足的情況，將會觸發強平。如果某只空頭占比高的股票大漲，很可能造成很多空頭投資者在同一時間段內急於平倉，導致股價進一步上漲。
（5）公司行動
某些公司行動（如並購、收購、分紅等）可能引起做空費率增加。
例如，當公司宣佈分紅時，通常會導致市場上股票的供應減少，從而可能導致融券利率提高。
（6）退市和停牌
當一檔股票退市或停牌時，由於該股票無法交易，投資者可能無法填補其持有的空頭頭寸，需等到該股票退市完畢或該股票恢復交易才能終止。這一過程可能持續數日、數月甚至更久，尤其當公司破產清算時耗時最長。而投資者在此期間不得不按照該股票的退市價格或該股票最近一個交易日的收盤價持續支付融券費用，融券費用可能很高。
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